《重慶森林》1994
眾所周知，《重慶森林》是王菲主演的首部電影作品，並因此獲得1996年瑞典斯德哥爾摩電影節最佳女演員，更獲得1995年香港電影金像獎影后提名。導演王家衛也曾多次公開讚賞王菲的演技，稱其為「天生的演員」，認為她具有最好的「肢體表現(body motion)」，並表示「沒有人能取代阿菲，她不拍戲真的好可惜」。確實，《重慶森林》中的王菲沒有精緻時髦的打扮，一頭清爽短髮搭配香港大街小巷買來的便宜戲服，也阻擋不了她骨子裡的靈氣，舉手投足都美得動人。
《戀戰沖繩》2000
2000年，王菲與張國榮和梁家輝主演的電影《戀戰沖繩》上映，講述大賊唐傑（張國榮 飾）和刑警羅宏達（梁家輝 飾）同時愛上女孩 Jenny（王菲 飾）的故事。整部電影在日本拍攝，王菲更在電影中獻出了自己的熒幕初吻。導演陳嘉上表示這部戲的女主角是一個很難捉摸的女人， 而王菲正擁有這種特質，所以他一想就想到用王菲。
《天下無雙》2002
又過了兩年，王菲與梁朝偉、趙薇共同主演喜劇片《天下無雙》，由劉鎮偉導演，王家衛監製。王菲在片中飾演女扮男裝的「無雙公主」，並憑藉該片獲得第22屆香港電影金像獎最佳女主角獎提名以及第9屆香港電影評論學會最佳女演員獎 。
《2046》2004
2004年上映的《2046》，被認為是王家衛的電影前作《花樣年華》及《阿飛正傳》的續集，講述住在東方酒店2047號房間的作家周慕雲（梁朝偉 飾）遇到了住在2046號房間的幾個女人，包括白玲（章子怡 飾）及王靖雯（王菲 飾）。王菲在電影中搭檔日本不老男神木村拓哉，以舊名「王靖雯」出演，談起這一特別設計的背後原因，王家衛的解釋是：「我認識王菲的時候，她就叫王靖雯。」想必電影中周慕雲與王靖雯的初遇，正令王導想到了自己初次見到王菲的場景。
《大城小事》2004
與《2046》同年，王菲主演的另一部《大城小事》也在內地和香港兩地上映。她在電影中與「四大天王」之一的黎明飾演一對情侶， 緩緩講述兩人從分離到重聚的故事。王菲飾演的「辛小月」是在一間公關公司工作的新時代職業女性，在上海這個競激烈的社會中努力為自己拼得一席之地，獨立而堅強的她，同時渴望收穫愛情的美滿。
